El laboratorio dispone de un microscopio estereoscópico Leica MZ 16 con zoom apocromático 16:1, con un rango de aumento de 7.1x a 115x y cámara digital incorporada Leica IC90E, y un microscopio digital Dino-Lite AD-7013MZT series, versión 1.3.2, de 5 Megapíxeles de resolución y rango de aumento de 10x a 250x, imprescindibles para analizar las huellas producidas por los mecanismos de producción de objetos y motivos paleolíticos.

Además, el análisis microscópico combinado con la microfotogrametría permite analizar la morfología de los trazos grabados a partir del modelo digital de elevaciones.